La Ley de creación de la Universidad Nacional del Sureste de 1922, en su quinto artículo, estableció la figura del Consejo Universitario como órgano de gobierno de la Alta Casa de Estudios. Su estructura quedó conformada por el Rector como representante del Gobierno del Estado, un representante del Gobierno Federal, los Directores de las facultades y un Secretario General. La primera sesión del Consejo Universitario se llevó a cabo el 1 de marzo de 1922, en la que se acordó comunicar a la Secretaría de Educación Pública, al Gobierno del Estado y a la Universidad Nacional el inicio de las labores de la recién fundada Universidad.

El primer Consejo Universitario estuvo integrado por el Doctor Eduardo Urzaiz, como rector de la Universidad; el profesor José de la Luz Mena, designado por la Secretaría de Educación Pública en representación del Gobierno Federal, así como por los directores: Doctor Bernardo Enríquez, de Medicina; Licenciado José Castillo Torre, de Jurisprudencia; Ingeniero Manuel Amábilis, de Ingeniería; el Doctor Conrado Menéndez Mena, del Instituto Literario; el Profesor Alfonso Cardone, de la Escuela de Bellas Artes; la Profesora Florinda Batista Espínola, de la Escuela Normal; el Profesor Filiberto Romero de la Escuela de Música y el Maestro David Vivas, Secretario General.

Unos días después, el 18 de marzo, se realizó la elección del representante de los estudiantes resultando electo Max Peniche Vallado.

La conformación del Consejo Universitario se mantuvo inamovible hasta una reforma que fue impulsada por el Doctor Jesús Amaro Gamboa, entonces Rector de la Universidad, el 29 de octubre de 1936.

De acuerdo con la reestructuración, según se establece en el “Reglamento para las Elecciones de Consejeros”, publicado en el Suplemento de Orbe (1937 – 1938), el Consejo Universitario quedó integrado por “el Rector; el Director, un catedrático y dos estudiantes de cada Facultad y de la Escuela Preparatoria, y un Secretario, que será el Secretario General de la Universidad.” Esta modificación permitió que el gremio estudiantil ampliara su participación al interior del máximo órgano de gobierno de la institución, logro que posibilitó diversificar las voces estudiantiles en la Universidad.

Para 1947, se realizó una actualización al Estatuto de la Universidad, en la que se reafirmó que el Consejo Universitario era la autoridad suprema de la Universidad, la cual quedó integrada por el Rector, el Secretario General, y por el Director, un profesor y un alumno de cada Facultad y de cada Escuela Preparatoria.

En este sentido, la modificación más relevante fue la reducción en el número de estudiantes por escuela, al pasar de dos a un representante. Esta estructura, establecida a mediados del siglo XX, es la que se ha mantenido hasta nuestros días.

Hacia 1984, el gobernador Víctor Cervera Pacheco promulgó una nueva ley orgánica para la Universidad, en la que se le dotó de autonomía.

En la nueva ley se reconoció que la autoridad suprema en la Universidad Autónoma de Yucatán reside en el Consejo Universitario, mientras que la ejecutiva en el Rector. La estructura organizativa y representativa se mantuvo, especificando sus funciones, atribuciones y obligaciones para con la comunidad universitaria. Hasta aquí estas notas históricas del Consejo Universitario.