El agua de la lluvia que cae sobre Yucatán se filtra rápidamente hacia los mantos acuíferos inferiores a través de la piedra caliza, mineral del que está formada la parte norte de la península de Yucatán. Debido a eso, casi no hay fuentes superficiales de agua. Cuando escaseaban las lluvias, los cultivos se resecaban por el intenso calor. La sed, el hambre y otras calamidades amenazaban al pueblo maya.

Según Linnea H. Wren, para esta gran civilización prehispánica, el poder del agua como sustentadora de la vida estaba representada por el dios Chaak. En la cosmovisión mesoamericana, las deidades eran consideradas como metáforas de energía universal que activaban el universo y no como personajes definidos. Esta energía podía estar en los hombres de extraordinario carácter o en sitios de configuración insólita y precisamente las cuevas y los cenotes fueron considerados como centros recipiendarios de esa energía, concluye Wren. Por esta razón, el estudio de los rituales y los mitos asociados a las cuevas, es básico para conocer los fundamentos de la cultura maya.

Quizá el ritual más conocido en relación con los cenotes de Yucatán en la época prehispánica fue el de arrojar, a manera de ofrenda, a ciertas personas en las aguas del cenote sagrado de Chichén Itzá. Fray Diego de Landa fue el primero en consignar los rituales que celebraban en este cenote para honrar al dios Chaak.

Según Landa, los mayas, en tiempo de sequía, sacrificaban seres humanos echándolos vivos al cenote pensando que saldrían al tercer día y con ello esperaban que Chaak enviara las lluvias. Junto con ellos se arrojaban muchos objetos de valor. Los antiguos pobladores de este sitio disponían otros cenotes, pero sólo utilizaban el cenote hoy conocido como sagrado para realizar los sacrificios.

La trascendencia de este gran cenote continuó aún después de la conquista y todavía a mediados del siglo XVI había peregrinaciones de grupos indígenas que lo visitaban por motivos religiosos. Las primeras extracciones de vestigios arqueológicos encontrados ofrecen evidencias de 42 sujetos jóvenes entre 14 y 20 años. Las versiones populares sostuvieron que eran mujeres vírgenes echadas a la morada de la deidad en busca de una profecía, pero esto no fue así. En una exploración mexicana, realizada en el cenote sagrado en 1967, se encontraron muchos esqueletos de niños, dato que concuerda con la evidencia sobre el sacrificio de menores en el Yucatán colonial.

De acuerdo con Clemency Chase Coggins, el cenote sagrado de Chichén Itzá justificó su reputación como receptáculo de sacrificios humanos y objetos preciosos porque en las exploraciones se encontraron objetos de oro, jade, cobre, hueso, concha, madera, cerámica, copal, caucho y textiles. El hecho de que muchos de esos objetos no fueran naturales de Yucatán permite inferir la gran fama que alcanzó este cenote en los tiempos prehispánicos.